以后，阿桂在乾隆二十九年和乾隆三十二年兩次任伊犁將軍，在管理全盤工作的同時，他還更積極地籌辦伊犁的屯墾事業(yè)。在這期間，伊犁屯田主要有以下幾種形式：首先是擴大“回屯”，陸續(xù)從阿克蘇、烏什、庫車、拜城、沙雅、喀什噶爾、葉爾羌、和闐、喀喇沙爾（今焉耆）、吐魯番等地遷移6000戶維吾爾農(nóng)民，安置在伊犁河兩岸定居墾荒。他們生產(chǎn)的糧食，除自己食用外，每年以糧賦的名義向當局交糧10萬石左右，成為伊犁軍民糧食供應(yīng)的主要來源。其次是增加“兵屯”，到1769年，陸續(xù)從內(nèi)地增調(diào)綠營兵2500名到伊犁，主要安置在綏定、清水河、蘆草溝一帶，以500名操練巡防，2000名屯田，5年更替。后來屯兵改為攜眷，定額3000名。分為25屯，每屯100名，并特設(shè)總兵一名管轄。規(guī)定每個士兵屯地20畝，由官方提供農(nóng)具、耕畜，每屯年交一定數(shù)量的糧食。另外是新增“犯屯”，就是將內(nèi)地的犯人發(fā)遣到伊犁種地，交給屯兵看管，每人種地12畝，年交一定數(shù)量的糧食。還有新增“民屯”，就是遷移內(nèi)地的無地農(nóng)民到伊犁屯田，每戶給地30畝，提供農(nóng)具、耕畜、種子等，讓他們安心生產(chǎn)。土地6年后，每年交賦糧9升。對屯田士兵和遣犯的家屬，也分給他們土地，盡量把他們編入民籍使其安心生產(chǎn)。

另外，這一時期從黑龍江移駐伊犁霍爾果斯的索倫營游牧種地，從盛京（今沈陽）移駐伊犁河南岸的錫伯營著力務(wù)農(nóng)。這些八旗軍民克服了重重困難，開墾出大片土地，很快做到了糧食自給自足。

伊犁地區(qū)的屯田在阿桂等人的組織領(lǐng)導下，取得了顯著成績，昔日荒涼的伊犁河谷，變成了到處是良田炊煙、雞鳴畜叫的塞外糧倉。乾隆四十七年，據(jù)伊犁將軍伊勒圖向政府報告說，當?shù)赝吞镞B年豐收，倉庫里的存糧達50多萬石，足可以備放3年有余。

由于經(jīng)濟發(fā)展，以后陸續(xù)建成以惠遠城為主的伊犁九城，屯地村莊環(huán)繞，田野阡陌縱橫，商業(yè)也隨之興起，出現(xiàn)了前所未有的安定繁榮的景象。乾隆帝為此評價阿桂：“自平定西陲時即隨同出師，旋經(jīng)理新疆事務(wù)，周詳妥善，懋著勤勞?！?/p>

后來，紀曉嵐曾經(jīng)熱情洋溢地寫詩稱贊伊犁屯墾：

秋禾春麥壟相連，

綠到晶河路幾千。

三十四屯如繡錯，

何勞轉(zhuǎn)粟上青天。

屯田事業(yè)的發(fā)展，給新疆的經(jīng)濟文化帶來繁榮景象，烏魯木齊是“到處歌樓到處花，塞垣此處擅繁華”。逢年過節(jié)，張燈結(jié)彩，歌舞管弦，終夜喧闐：“犢牛轆軛滿長街，火樹銀花對對排。無數(shù)紅裙亂招手，游人拾得鳳凰鞋?！奔o曉嵐置身“玉笛銀箏夜不休”，游覽“城南城北酒家樓”，仿佛又回到京師，“風景依稀憶舊游”。

阿桂在伊犁屯田的成功，無論在經(jīng)濟上政治上都具有重大意義，它對于開發(fā)邊疆地區(qū)的經(jīng)濟，密切西北與內(nèi)地的經(jīng)濟聯(lián)系，鞏固中國多民族的統(tǒng)一，無疑是一個很大的促進。而阿桂以他的遠大目光和氣魄，做出了具有開創(chuàng)性的貢獻。

由于阿桂在新疆屯田的功績，他的地位不斷上升。乾隆二十六年，他被授予內(nèi)大臣、工部尚書、議政處行走和鑲藍旗漢軍都統(tǒng)等職。第二年，又授予騎都尉世職，并返京“供職詢問方略”。乾隆二十八年正月，阿桂到北京后，被授予軍機大臣，給予在紫禁城內(nèi)騎馬的殊榮。

乾隆將有軍功臣子的圖像掛在紫光閣，前后總共4次，其中功勞最大的人排名列于前，乾隆親自為他們寫評語。功勞稍次者列于后，由朝中文采出眾的大臣撰寫評語。阿桂4次為前列。

追昔撫今，能為人民做好事、做實事的官員，往往會青史留名！